Первая генетическая последовательность SARS-СoV-2 была определена ещё 3 января 2020 года [1]. А уже 10 января 2020 был впервые опубликован геном вируса [2, 3]. Тогда же обнаружилось, что рецептор-связывающий домен (RBD) коронавируса выглядит совсем не так, как у других вирусов до этого. Этот факт стал аргументом для людей, придерживающихся гипотезы лабораторного происхождения SARS-СoV. И именно этот довод был одним из ключевых, когда летом 2021 года снова разгорелись дискуссии о лабораторной утечке коронавируса [4].
* RBD — ключевой участок S-белка SARS-СoV-2, именно он отвечает за прикрепление S-белка к рецептору ACE2 на наших клетках.
1. Три новых коронавируса летучих мышей.
Версия лабораторного происхождения SARS-СoV-2 изначально считалась сомнительной и очень маловероятной. Теперь её вероятность ещё ниже, поскольку новое исследование показало, что странная форма RBD встречается в природе у трёх штаммов коронавирусов летучих мышей. RBD у найденных вирусов практически идентичны RBD у SARS-CoV-2 [5, 6].
Три новых коронавируса назвали BANAL-52, BANAL-103 и BANAL-236. Их обнаружили у летучих мышей в Лаосе. BANAL-52 на 96,8% схож с SARS-CoV-2 — это больше, чем какие-либо другие вирусы. Все три вируса имеют отдельные участки, которые похожи на SARS-СoV-2 больше, чем любые другие обнаруженные до этого вирусы. BANAL-52 и BANAL-103 могли иметь общего предка с SARS-CoV-2 менее 10 лет назад [6].
Для сравнения: самые близкие родственники SARS-СoV-2 ранее, все найдены у летучих мышей в провинции Юньнань, Китай:
— RaTG13: 96,1% сходства [7]. У RaTG13 и SARS-СoV-2 мог быть общий предок 40–70 лет назад [6].
— RpYN06: 94,48% сходства [8].
— RmYN02: 93,4% сходства. [9].
Ограничения исследования:
— Работа находится на стадии препринта [5].
— Найдены ещё не все важные промежуточные звенья. Обнаруженные коронавирусы не содержат сайт расщепления фурином, который есть у SARS-СoV-2. Однако эта особенность не уникальна для SARS-СoV-2 и не свидетельствует о его искусственности: у сезонных коронавирусов, вызывающих простуду, есть сайты расщепления фурином.
— Пока непонятно, каким из возможных способов предок SARS-CoV-2 мог попасть в Ухань.
2. Новый коронавирус мог переходить от животных к людям два раза.
Самые ранние образцы SARS-СoV-2, взятые в начале 2020 года у инфицированных людей, можно разделить на две большие вирусные линии, названные «линия A» и «линия B». Обе линии имеют существенные генетические различия.
— Линия B. Найдена у людей, посетивших оптовый рынок морепродуктов в китайском городе Ухань. Впоследствии именно эта линия стала доминирующей и распространилась по всему миру.
— Линия А. Распространялась в Китае от людей, которые не связаны с оптовым рынком морепродуктов в Ухане, но связаны с другими рынками в городе, где также продавались дикие животные.
Ранее считалось, что коронавирус линии А мог произойти от коронавируса линии B. Однако результаты нового исследования уменьшают такую вероятность. Если сравнить 38 промежуточных вариантов генома SARS-CoV-2, секвенированных до 28 февраля 2020 года, обнаруживается интересная особенность. При учёте изменений в вирусе часть вариантов можно отнести к одной линии, а другую — к другой. И при этом не удаётся найти промежуточной стадии между двумя вирусными линиями [10].
Таким образом, коронавирус мог перескакивать между животными и людьми два и более раз. Вирусные линии A и B могут быть связаны с людьми, посетившими разные рынки в городе Ухань. Эти люди могли заразиться от нескольких разных животных. Кроме летучих мышей к SARS-СoV-2 могут быть восприимчивы и другие животные. Например, енотовидные собаки и норки, продающиеся на различных рынках в городе Ухань. К слову, исследования вируса SARS-СoV-1, появившегося в 2002 году, пришли к выводу, что вирус переходил от животных к людям несколько раз.
Ограничение исследования: работа находится на стадии препринта. Если результаты подтвердятся, то для доказательства лабораторной утечки SARS-СoV-2 придётся доказать, что коронавирус был вынесен из лаборатории два раза, что выглядит крайне маловероятно. Куда вероятнее, что пандемия COVID-19 возникла из-за торговли дикими животными, перенёсшими в себе две разных линии коронавируса.
Наиболее полезные вопросы относительно происхождения SARS-CoV-2 это не вопросы о лабораторном происхождении вируса. А вопросы о том, когда и где произошло распространение вируса и как избежать подобных вспышек в будущем. Интересная загадка кроется именно в этих темах. Ведь до сих пор нет точных доказательств, что адаптация коронавируса животных к человеку произошла на оптовом рынке морепродуктов в городе Ухань. В то же время есть данные, показывающие, что SARS-СoV-2 начал распространяться раньше декабря 2019 года [11].
И небольшое дополнение к аргументам против лабораторной утечки SARS-СoV-2. К двум новым аргументам добавим более детализированный старый аргумент.
3. Ежегодно тысячи людей на юге Азии могут заражаться коронавирусами от животных. Но эти заражения не перерастают в вирусные вспышки.
Около 500 миллионов людей живут в регионах, где можно заразиться коронавирусами от 23 видов летучих мышей. К этим регионам относятся: северная Индия, Непал, Мьянма и большая часть Юго-Восточной Азии. А наиболее высокий риск у жителей Южного Китая, Вьетнама, Камбоджи, острова Ява и других островов Индонезии. Моделирование оценило, что за год в среднем происходит 400 000 случаев передачи коронавирусов от животных к человеку [11].
Есть целый ряд оговорок по поводу столь огромного числа:
— 400 тысяч случаев на 500 миллионов людей в регионах, где часто едят летучих мышей, переносящих множество животных коронавирусов, — это не так и много.
— Заражение вирусом от животных не обязательно означает проявление симптомов. Иммунная система человека может подавить репликацию плохо адаптировавшегося к человеку вируса до того, как он вызовет инфекцию.
— В подавляющем большинстве случаев коронавирусы не успевают обрести способность передаваться от человека к человеку, чтобы вызвать вирусную вспышку. При этом вряд ли будут проводить геномный анализ вируса у человека с симптомами простуды. Да и вряд ли типичный азиатский фермер, употребляющий в пищу летучих мышей, пойдёт в клинику из-за того, что у него появился кашель.
— Даже если в редких случаях коронавирус обретает способность передаваться от человека к человеку, то он не распространяется на большое количество людей. Обычно для возникновения вирусных вспышек требуется, чтобы человек оказался в густонаселённом районе города и заразил достаточное количество людей, которые будут передавать вирус далее.
— Цифры моделирования не стоит воспринимать как очень точные. Суть в том, что жители Южной и Юго-Восточной Азии часто употребляют в пищу летучих мышей, а затем у этих людей обнаруживаются антитела к коронавирусам, связанным с SARS-СoV-1. И, скорее всего, таких людей тысячи.